Loading...
AI-RISKI -sovelluksella voi tarkastella 'Lintuinfluenssan leviämiseen vaikuttavien riskitekijöiden kartoitus' -hankkeessa tehtyjä arvioita lintuinfluenssan alueellisesta ja ajallisesta leviämisriskistä Suomen siipikarjatuotannossa. Riskiä arvioitiin lintuinfluenssan leviämisen kannalta keskeisten luonnonvaraisten lintujen alueellisen ja ajallisen esiintymisen, sekä siipikarjatuotannon alueellisen esiintymisen ja tuotannon alttiuden perusteella. Nämä erilliset arviot yhdistettiin, jolloin saatiin alueellinen arvio siipikarjan lintuinfluenssaesiintymisriskistä eri vuodenaikoina. Kaikki arviot on laskettu 10 x 10 km karttaruutuihin. Arviointi on tarkemmin kuvattu Ruokaviraston tutkimusraportissa 'Siipikarjan lintuinfluenssa Suomessa - riskiprofiili' (Rossow ym. 2023).
Sovelluksella voi tarkastella
Lintuinfluenssariskiin vaikuttavien luonnonvaraisten lintujen alueellista esiintymistä
Siipikarjatuotannon alueellista esiintymistä
Siipikarjan alueellista intuinfluenssatartuntariskiä
Sovellus tehtiin osana Maatilatalouden kehittämisrahaston (Makera), Ruokaviraston ja Luonnontieteellinen keskusmuseon (LUOMUS) rahoittamaa 'Lintuinfluenssan leviämiseen vaikuttavien riskitekijöiden kartoitus (AI-RISKI)' -hanketta. Hanke toteutettiin Ruokaviraston, Luonnontieteellinen keskusmuseon ja BirdLife Suomen yhteistyönä.
1. Ohjelmointiympäristö
AI-RISKI sovellus on tehty R-ohjelmiston versiolla 4.2.1 ( R Core Team, 2022 ) käyttäen 'shiny'lisäosaa ( Chang ym. 2022 ). Interaktiiviset kartat on tehty ‘leaflet’ lisäosalla ( Cheng ym. 2022 )
2. Aineistot
2.1. Lintuinfluenssariskiin vaikuttavien luonnonvaraisten lintujen esiintyminen
Lintuinfluenssariskiin vaikuttavien luonnonvaraisten lintujen esiintymistä arvioitiin hankkeissa 'Maakunnallisesti tärkeät lintualueet' ( Aintila & Ellermaa 2018 ) ja 'Kansainvälisesti tärkeät lintualueet' ( BirdLife Suomi 2018 ) tärkeiksi todennettujen lintujen kerääntymisalueiden esiintymisen perusteella. Lisäksi otettiin huomioon riskin perusteella keskeisiksi arvioitujen muuttolintulajien alueellinen ja ajallinen esiintyminen Suomessa. Lintuinfluenssariskin perusteella keskeisiksi muuttolintulajeiksi Suomessa tunnistettiin Luonnontieteellisen keskusmuseon ja BirdLifen asiantuntijoiden johdolla kyhmyjoutsen, laulujoutsen, merihanhi, tundrahanhi, metsähanhi, valkoposkihanhi, sinisorsa, haapana, tukkasotka, telkkä, isokoskelo ja nokikana. Aineisto edellä mainittujen lintulajien esiintymisestä kuukausittain Suomessa 10 x 10 km ruuduissa vuosina 2010–2019 saatiin Tiira-lintutietopalvelun tietokannasta.
Kesällä 2023 lintuinfluenssa aiheutti merkittäviä naurulokkien joukkokuolemia Suomessa, minkä johdosta naurulokin alueellinen ja ajallinen esiintyminen Suomessa on sittemmin lisätty osaksi arviota lintuinfluenssariskiin vaikuttavien luonnonvaraisten lintujen esiintymisestä. Aineisto naurulokin esiintymisestä kuukausittain Suomessa 10 x 10 km ruuduissa vuosina saatiin myös Tiira-lintutietopalvelun tietokannasta. Tämä aineisto on vuosilta 2012–2023.
2.2. Siipikarjatuotantotilat Suomessa
Ajankohtaiset tiedot siipikarjan pitopaikoista ja sijainneista Suomessa saatiin Ruokavirastosta. Ulkoilevaksi siipikarjaksi luokiteltiin tilat, joilla on tuotantomuotona lihan tuotantotarhaus, siitoseläinten tuotantotarhaus tai riistanhoidollinen tarhaus (pääasiassa fasaaneja). Siipikarjan tautisuojauksesta saatiin tietoa salmonellavalvontalomakkeista aluehallintovirastojen avulla. Tästä aineistosta ulkoileviksi luokiteltiin ne tilat, joilla oli kirjattu/todettu lintujen ulkoilumahdollisuus tai jotka olivat luomutuotannossa. Aineistosta poistettiin seura- ja harraste-eläimiksi ilmoitetut tilat sekä pienet tilat (esim. tilat, joilla on vähemmän kuin 100 kanaa). Hyvän tautisuojan pitopaikoiksi luokiteltiin broilereiden ja kalkkunoiden lihantuotantoketjussa olevat tilat, ja loput tilat luokiteltiin perustason tautisuojauksen luokkaan, mikäli niillä ei ollut ulkoilevia lintuja.
2.3. Muut aineistot
Riskikartoilla on mahdollista tarkastella Ruokavirastossa vuosien 2021 ja 2022 aikana todennettujen lintuinfluenssatapausten sijainteja. Lisäksi riskikartoilla esitetään Suomen kuntien ja maakuntien rajaviivat. Aineisto Suomen kuntien rajaviivoista vuonna 2022 saatiin Tilastokeskuksesta (Tilastokeskus, 2022) ja aineisto Suomen maakuntien rajaviivoista vuonna 2021 Maanmittauslaitokselta (Maanmittauslaitos, 2021).
2.4. Omat aineistot
Riskikartoille on mahdollista lisätä omia aineistoja. Oman aineiston tulee olla csv-tiedostona ja sen tulee sisältää pistemäisten kohteiden ETRS-TM35FIN-järjestelmän tai WGS84-järjestelmän mukaiset koordinaatit.
Aintila A & Ellermaa M (2018). Maakunnallisesti tärkeät lintujen muutonaikaiset kerääntymisalueet Uudellamaalla. Tringa 1/2018: 8-31. https://tiedostot.birdlife.fi/alueet/maali/tringa-maali-muutonaikaiset-keraantymisalueet-2018.pdf
BirdLife Suomi (2018). Kansainvälisesti tärkeät lintualueet. https://www.birdlife.fi/suojelu/alueet/iba/
Chang W, Cheng J, Allaire J, Sievert C, Schloerke B, Xie Y, Allen J, McPherson J, Dipert A, Borges B (2022). shiny: Web Application Framework for R. R package version 1.7.2, https://CRAN.R-project.org/package=shiny
Cheng J, Karambelkar B, Xie Y (2022). leaflet: Create Interactive Web Maps with the JavaScript 'Leaflet' Library. R package version 2.1.1, https://CRAN.R-project.org/package=leaflet
Maanmittauslaitos (2021). Hallintorajat 2021-2022, 1:100 000. CSC - Tieteen tietotekniikan keskus Oy. http://urn.fi/urn:nbn:fi:att:dc71353c-8063-4c67-abc1-3193a130b990
R Core Team (2022). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. URL https://www.R-project.org/
Rossow H, Seppä-Lassila L, Tuomola J, Lehtiniemi T, Valkama J, Tammiranta N, Gadd T, Tuominen P (2023) Siipikarjan lintuinfluenssa Suomessa - riskiprofiili. Ruokaviraston tutkimuksia 1/2023. ISBN PDF 978-952-358-046-6. pp. 33
Tilastokeskus (2022). Kunnat 2022 (1:4 500 000). Aineisto on ladattu Tilastokeskuksen rajapintapalvelusta 22.10.2022 lisenssillä CC BY 4.0
Sovelluksen lähdekoodi ja aineistot ovat julkaistu Zenodo arkistossa GNU General Public License version 3 lisenssiin perustuen.
Voit viitata sovellukseen näin:
Tuomola J, Seppä-Lassila L, Rossow H, Tuominen P (2023) AI-RISKI: A tool for examining the spatio-temporal risk of transmission of Avian Influenza to poultry in Finland. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.7325839 . Available at: https://ai-riski.2.rahtiapp.fi/